重檐歇山造,原面寬五間,明擴為七間,進深六間,殿內豎有20根木石連接大柱,仍保存宋代建筑風格。與
福州華林寺、
寧波保國寺并稱為江南古建之華。 三清殿包括山門、三清殿、通明殿、九御殿、四官殿、
文昌殿和五帝廟、東岳殿、五顯廟、西岳殿等。
三清殿東面的東岳殿,今仍保存著宋代龍柱,明代梁架結構,梁架上彩繪著道教圖案,是南方罕見的古建實物。
三清殿和東岳殿之間的庭院,現已辟為“碑園”,集中存放著從全市各地收集來的碑碣石刻。其中最為寶貴的是宋徽宋趙佶手書的瘦金體《神霄玉清萬壽宮碑》、宋孝宗的《賜少保陳俊卿扎碑》和陳俊卿的謝恩表文。《興化軍祥應廟記碑》是研究宋代
莆田對外貿易的不可多得的寶貴材料,也是我國人民和
印尼人民貿易往來的歷史見證。
此外,尚有蘇軾、文天祥、周瑛等歷史名人的題刻,薈集著真、草、篆、隸等各體書法,琳瑯滿目,是珍貴的文化遺產。